कृषि विकासमा विषय विशेषज्ञताको महत्वलाई प्राथमिकता दिई कृषि सेवालाई छिटो र छरितो किसिमले कृषक समक्ष पुर्याउन विक्रम सम्वत् २०२४ सालमा वागवानी लगायत पाँच विभागहरूको गठन भएको थियो ।एकीकृत उत्पादन प्रणाली भएको हुँदा नेपाली कृषकका लागि प्रशासकीय तथा आर्थिक दृष्टिले धेरै विभागबाट सेवा प्रवाह कार्य सञ्चालन गर्नु व्यवहारिक नदेखिएकोले बिक्रम सम्वत् २०२९ सालमा तत्कालीन पाँचै विभागहरूलाई गाभेर एउटै कृषि विभागको रूपमा पुर्नगठन गरियो ।यसै पुर्नगठनमा बाली विशेषका विकास कार्यक्रमहरू प्रभावकारी रूपमा सञ्चालन गर्न कृषि विभाग अन्तर्गत बाली विकास शाखाहरू समेत स्थापना गर्ने योजना बमोजिम तरकारी, मसला तथा आलु बालीहरूको तालुक अड्डाको रूपमा २०२९ सालमा तरकारी विकास शाखाको स्थापना गरियो । बागवानीको प्रचुर सम्भावना र आर्थिक उन्नतिमा यसले खेल्न सक्ने भूमीकालाई मध्यनजर गरी २०४७ सालमा वागवानी विभागको स्थापना गरिएको थियो । यसै क्रममा कृषि मन्त्रालयको २०४९ सालमा नयाँ संरचना बनेपछि कृषि मन्त्रालय अन्तर्गत रहेका ५ वटा विभागहरूलाई एकीकृत गरी २०४९ श्रावण १ गते देखि एक छाता (One Umbrella Concept) अन्तर्गत राख्ने योजना अनुसार एउटै कृषि विकास विभागको स्थापना गरियो र तरकारी विकास शाखालाई तरकारी विकास महाशाखामा परिणत गरिएको थियो ।
कृषि विभाग अन्तर्गतका विभिन्न महाशाखाहरू छुट्टै कार्यालयकारूपमा संचालित भई आएकोमा वि.सं. २०५६ श्रावणदेखि विभागको सहयोगी महाशाखाहरूकोरूपमा लिइयो र आ.व. २०५६/०५७ देखि आर्थिक कारोवार समेत विभागबाटै सञ्चालन गरी महाशाखाको अधिकार क्षेत्रलाई सागुरो बनाइयो । यसो हुदा प्रशासनिक प्रक्रिया पुरा गर्दा-गर्दै सेवा प्रवाह कार्यको गतिमा मन्दता आयो । यो प्रक्रियाले विकासको गतिमा प्रतिकुल असर पारेको महसुश गरी यी महाशाखाहरूलाई नेपाल सरकार (म.प.) को मिति २०५७/०३/२६ को निर्णयानुसार तत्कालीन कृषि तथा सहकारी मन्त्रालयले संगठनात्मक संरचनामा केही फेरबदल गरी पुनः छुट्टै कार्यालयको पहिचान दियो । यसपटक महाशाखाहरूलाई मातहतका अन्य कार्यालयहरूको प्रशासनिक एवं आर्थिक कार्यमा मार्गदर्शन गर्ने गरी कार्यक्रम निर्देशनालय भनी नामाकरण गरियो, अलग-अलग दरबन्दी भएको र छुट्टा-छुट्टै कार्यक्रम वजेट भएका दुई कार्यालयहरू आलु विकास शाखालाई राष्ट्रिय आलु बाली विकास कार्यक्रम र सुठो तथा अलैंची विकास शाखालाई राष्ट्रिय मसलाबाली विकास कार्यक्रम २०४९ श्रावण १ गते देखि तरकारी विकास निर्देशनालयको प्रशासनिक नियन्त्रणमा राखिएकोमा आ.व. २०५७/०५८ देखि आर्थिक कारोबार समेत निर्देशनालयले हेर्ने गरी अख्तियारी दिईएकोमा नेपाल सरकारको निर्णयानुसार आ.व. २०६०/०६१ देखि पुनः आर्थिक कारोवार छुट्टा-छुट्टै गरिएको थियो ।
यसै क्रममा देशको संघियतामा प्रवेश तथा राजनैतिक र प्रशासनिक पुर्नसंरचनामा तत्कालिन तरकारी विकास निर्देशनालय, राष्ट्रिय आलु वाली विकास कार्यक्रम र राष्ट्रिय मसला वाली विकास कार्यक्रमलाई एकै ठांउमा गाभेर नेपाल सरकार मन्त्रीपरिषदको मिति २०७५/३/३२ को निर्णय अनुसार कृषि विभाग अन्तर्गत राष्ट्रिय आलु, तरकारी तथा मसलावाली विकास केन्द्रको स्थापना भयो ।