निकायको स्वरुप र प्रकृति
कृषि विकासमा विषय विशेषज्ञताको महत्वलाई प्राथमिकता दिई कृषि सेवालाई छिटो र छरितो किसिमले कृषक समक्ष पुर्याउन वि.सं. २०२४ सालमा वागवानी लगायत पाँच विभागहरूको गठन भएको थियो। एकीकृत उत्पादन प्रणाली भएको हुदां नेपाली कृषकका लागि प्रशासकीय तथा आर्थिक दृष्टिले धेरै विभागबाट सेवात्मक कार्य सञ्चालन गर्नु व्यवहारिक देखिएन।तसर्थ वि.सं. २०२९ सालमा तत्कालीन पाँचै विभागहरूलाई गाभेर एउटै कृषि विभागको रूपमा पुनर्गठन गरियो। यसै पुनर्गठनमा बाली विशेषका विकास कार्यक्रमहरू प्रभावकारी रूपमा सञ्चालन गर्न कृषि विभाग अन्तर्गत बाली विकास शाखाहरू समेत स्थापना गर्ने योजना बमोजिम तरकारी, मसला तथा आलु बालीहरूको तालुक अड्डाको रूपमा वि.सं. २०२९ सालमा तरकारी विकास शाखाको स्थापना गरियो र आलुबाली विकासको लागि वि.सं. २०२९ सालमा राष्ट्रियस्तरमा “राष्ट्रिय आलुबाली विकास कार्यक्रम” को स्थापना गरिएको हो। मसला वालीको विकासलाई अघि वढाउन आवश्यक पर्ने पूर्वाधार र प्रविधि विकासका लागि महत्वपूर्ण कार्यहरुको थालनी आ.व. २०३२/३३ (कृषि वर्ष) देखि योजनावद्ध रुपमा शुरुवात भयो। यसै आ.व. मा ईलामको फिक्कलमा अलैंची विकास आयोजनाको स्थापना र २०३४ सालमा पोखरामा अदुवा अनुसन्धान केन्द्रको स्थापना गरियो।
वागवानीको प्रचुर सम्भावना र आर्थिक उन्नतिमा यसले खेल्न सक्ने भूमिकालाई मध्यनजर राखेर वि.सं. २०४७ सालमा वागवानी विभागको सिर्जना गरिएको थियो । यसै क्रममा कृषि मन्त्रालयको वि.सं. २०४९ सालमा नयाँ संरचना बनेपछि यस मन्त्रालय अन्तर्गत रहेका ५ वटा विभागहरूलाई एकीकृत गरी वि.सं. २०४९ श्रावण १ गतेदेखि एक छाता (One Umbrella Concept) मुनि राख्ने योजना अनुसार एउटै कृषि विकास विभागको स्थापना गरियो र तरकारी विकास शाखालाई तरकारी विकास महाशाखामा परिणत गरिएको थियो।यसै वर्ष केन्द्रीयस्तरको अलैंची तथा सुठो विकास कार्यक्रम संचालनमा ल्याइयो र २०५२ सालमा भएको सांगठनिक हेरफेरमा यसलाई सुठो तथा अलैची विकास शाखा नामाकरण गरियो ।
कृषि विभाग अन्तर्गतका विभिन्न महाशाखाहरू छुट्टै कार्यालयका रूपमा सञ्चालित भई आएकोमा वि.सं. २०५६ श्रावणदेखि विभागको सहयोगी महाशाखाहरूको रूपमा लिइयो। आ.व. २०५६/५७ देखि आर्थिक कारोवार समेत विभागबाटै सञ्चालन गरी महाशाखाको अधिकार क्षेत्रलाई साँगुरो बनाइयो। यसो हुँदा प्रशासनिक प्रकृया पूरा गर्दागर्दै सेवात्मक कार्यको गतिमा मन्दता आयो। यो प्रकृयाले विकासको गतिमा प्रतिकूल असर पारेको महसुस गरी यी महाशाखाहरूलाई नेपाल सरकार (म.प.) को मिति २०५७/०३/२६ को निर्णयानुसार तत्कालिन कृषि तथा सहकारी मन्त्रालयले संगठनात्मक संरचनामा केही फेरबदल गरी पुनः छुट्टै कार्यालयको पहिचान दिईयो। यस पटकमा महाशाखाहरूलाई मातहतका अन्य कार्यालयहरूको प्रशासनिक एवं आर्थिक कार्यमा मार्गदर्शन गर्ने गरी कार्यक्रम निर्देशनालय भनी नामाकरण गरियो। अलग–अलग दरबन्दी भएको र छुट्टा–छुट्टै कार्यक्रम बजेट भएका दुई कार्यालयहरू आलु विकास शाखा पछिल्लो समयको राष्ट्रिय आलु बाली विकास कार्यक्रम र सुठो तथा अलैंची विकास शाखा पछिल्लो समयको राष्ट्रिय मसलाबाली विकास कार्यक्रम, खुमलटार वि.सं. २०४९ साल श्रावण १ गते देखिनै यस निर्देशनालयको प्रशासनिक नियन्त्रणमा राखिएकोमा आ.व. २०५७/५८ देखि आर्थिक कारोबार समेत यस निर्देशनालयले हेर्ने गरी अख्तियारी दिईएकोमा नेपाल सरकारको निर्णयानुसार आ.व. २०६०/६१ देखि पुनः आर्थिक कारोवार छुट्टा–छुट्टै गरिएको थियो।
यसै क्रममा देशको संघियतामा प्रवेश तथा राजनैतिक र प्रशासनिक पुनसंचनामा तत्कालिन तरकारी विकास निर्देशनालय, राष्ट्रिय आलु बाली विकास कार्यक्रम र राष्ट्रिय मसलाबाली विकास कार्यक्रमहरुलाई एकै ठाँउमा गाभेर राष्ट्रिय आलु तरकारी तथा मसलाबाली विकास केन्द्रको आ.व.२०७५/७६ मा शुरुवात भयो।